Struktur organisasi LLDIKTI Wilayah VI pada saat ini dipimpin oleh Kepala LLDIKTI Wilayah VI yaitu Prof. Dr. Ir. Aisyah Endah Palupi, M.Pd. yang membawahi tugas dan fungsi LLDIKTI dalam memberikan layanan. Mendampingi beliau, terdapat Kepala Bagian Umum, Adhrial Refaddin, S.IP., MPP. yang mengelola urusan administrasi dan tata kelola kelembagaan.
Di bawah struktur utama, LLDIKTI Wilayah VI memiliki 7 Kelompok Kerja (Pokja) yaitu:
- Pokja Akademik, Kemahasiswaan, dan Kerja Sama (Akwama)
- Pokja Umum, Humas, dan Protokoler
- Pokja Hukum, Organisasi, dan Sumber Daya Manusia (HOSDM)
- Pokja Kelembagaan
- Pokja Sumber Daya Perguruan Tinggi (SDPT)
- Pokja Keuangan dan Barang Milik Negara (BMN)
- Pokja Sistem Informasi (SI)
Selain itu, terdapat Kelompok Jabatan Fungsional yang bekerja sesuai dengan bidang keahlian masing-masing untuk mendukung pencapaian tujuan organisasi, dan 2 (dua) tim pendukung yaitu Tim Humas dan Tim Kearsipan.
Melalui struktur ini, LLDIKTI Wilayah VI menjalankan fungsi pembinaan, pengawasan, dan pelayanan kepada perguruan tinggi secara lebih terarah, efektif, dan profesional.
